Усилитель мощности для чистоты эксперимента, вообще обесточивать было нужно после перехода на приём.
А, скорее всего, конечно же, разогрев каких-либо элементов, и, соответственно, повышенный шум, пока не остынут. Помимо полотна и изоляторов, можно и про кабель подумать, к примеру, вода в него попала, или крутой режим стоячей волны с локальным перегревом фрагментов, некачественная пайка, тонкие проводники там, где большой ток...
Кроме того, совершенно не исключено, что перегрев с последующим зашумлением вообще не в Вашем АФУ, а в том, где оно наводит токи. К примеру, в каких-либо плохо контачащих ржавых металлических листах, которые Вы облучаете. Гляньте внимательно и активное окружение, возможно, с ума сходят какие-нибудь близлежащие активные антенны.
Поиск подобных вещей - творческий процесс, а источник подобной фигни, как правило, оригинален...
Кстати, посмотрите, влияет ли время работы на передачу на время последующих шумов, если увязки нет, то это, однозначно, не перегрев, и Ваша задача, отчасти, упрощается.
Ну, а с нагревом очень помогает тепловизор.